沸石的晶体构造可分为三种组分：(1)铝硅酸盐骨架，(2)骨架内含可交换阳离子M的孔道和空洞，(3)潜在相的水分子，即沸石水。
沸石的构造与石英、长石的骨架有些不同。石英、长石的骨架构造比较严紧，比重2.6~2.7，而沸石的骨架构造比较空疏，比重2.0~2.2。其脱水后的空腔可大至47%，如菱沸石，甚至50%，如合成沸石。
在长石构造中，金属阳离子都限制在O离子构成的晶体骨架的空隙间，除非晶体被破坏，这些金属阳离子是很难自由活动的。Na或K被Ca交换，必须与Si、Al的置换同时进行，即成对置换，必然引起Si/AI比的改变。
在似长石构造中，金属阳离子位于比较开阔的相互通连的空隙间，比重2.14~2.45，阳离子可以通过构造的通路互相交换，而不破坏其晶体骨架。水方钠石和水霞石曾被认为是沸石族矿物。
在沸石构造中，金属阳离子位于晶体构造较大并相互通连的孔道或空洞间。因此，阳离子可自由地通过孔道发生交换作用，而不能影响其晶体骨架，像2(Na,K）(Ca2+）这样的交换，在沸石中是容易发生的，而在长石中是不能的。这种形式的交换作用，可能是离子交换的极端形式，只限于沸石及类似的矿物。
沸石的水分子与骨架离子和可交换金属阳离子的联系，一般都是松弛而微弱的。这些水分子比阳离子更自由地可以移动和出入孔道。在有热力的趋使下，可自由地脱、附而不影响其骨架构造。